2026年

論文

• Tatsuki Hori, Yoshitaka Moriwaki, Ryuichiro Ishitani, RGI-Toolkit: Differentiable Restraints for Controllable Biomolecular Structure Prediction, bioRxiv, DOI:10.64898/2026.10.05.756905, (2026).
• Aiko Watanabe, Kai Kanematsu, Yohei Hizukuri, Tatsuki Hori, Shizuka Ogiwara, Tomohiko Okuno, Mirei Saito, Tomoya Ito, Chihiro Shibuya, Yoshinori Akiyama, Shinji Toyota, Yoshitaka Moriwaki, Koji Yamano, Fumika Koyano, Takashi Kajitani, Ryuichiro Ishitani, Masahiro Yamashina, Hidetaka Kosako, Noriyuki Matsuda, YhbO is a DJ-1 family glyoxalase and α-oxoaldehyde hydratase that confers resistance to reactive carbonyl stress, J. Biol. Chem., 302(8), 113300, DOI:10.1016/j.jbc.2026.113300, (2026).
• Yoshitaka Moriwaki, Taro Shiraishi, Yohei Katsuyama, Kenichi Matsuda, Jie Zhang, Toyoyuki Ose, Atsushi Minami, Hideaki Oikawa, Tomohisa Kuzuyama, Ryuichiro Ishitani, and Tohru Terada, High-Throughput Prediction of Protein–Protein Interactions Uncovers Hidden Molecular Networks in Biosynthetic Gene Clusters, Comput. Struct. Biotechnol. J., 35(1), Article: 0149, DOI:10.34133/csbj.0149, (2026).
• Yuto Hasegawa, Yoshitaka Moriwaki, Yuri Takeda-Kimura, Kazunori Okada, Tomonobu Toyomasu, Identification of essential residues for the biosynthesis of momilactone intermediate diterpene in wild rice Oryza officinalis, Biochem. J., 483(6), 1035–1048, DOI:10.1042/bcj20250321, (2026).
• Tatsuki Hori, Yoshitaka Moriwaki, Ryuichiro Ishitani, Distance-Restraint-Guided Diffusion Models for Sampling Protein Conformational Changes and Ligand Dissociation Pathways, J. Chem. Theory Comput., 22, 10, 5259–5270, DOI:10.1021/acs.jctc.6c00199, (2026).
• Nayuta Nagano, Koichi Kiuchi, Atsushi Minato, Shusuke Sato, Yoshitaka Moriwaki, Rolf Müller, Tadashi Eguchi, Fumitaka Kudo, 4″-Methyl-S-Adenosyl-l-Methionines Are Substrates for 4-Methylazetidinecarboxylic Acid Synthases, ACS Chemical Biology, 21, 2, 224–229, DOI:10.1021/acschembio.5c00642, (2026).
• Ryo Akiba, Yoshitaka Moriwaki, Ryuichiro Ishitani, Naruki Yoshikawa, Multi-objective optimization for designing structurally similar proteins with diverse sequences, Science and Technology of Advanced Materials: Methods, 6(1), Article: 2611575, DOI:10.1080/27660400.2025.2611575, (2026).
• Yiming Zhang, Ryuichiro Ishitani, Mizuki Takemoto, Atsuhiro Tomita, Generalizable compound protein interaction prediction with a model incorporating protein structure aware and compound property aware language model representations, Communications Chemistry, 9, 37 DOI: 10.1038/s42004-025-01844-0, (2026)

口頭発表

• ○石谷隆一郎、AI によるタンパク質複合体の構造・動態・設計への多面的アプローチ（ワークショップ WS16「AIと先端計測が拓くタンパク質科学の新展開：構造・動態・デザイン」WS16-1、オーガナイザー：石谷隆一郎、福田昌弘）、第26回日本蛋白質科学会年会、とりぎん文化会館（鳥取県鳥取市）、2026年6月18日.
• ○石谷隆一郎、AIによるタンパク質複合体の構造・動態への多面的アプローチ（シンポジウム7「創薬に向けた骨代謝研究を加速する新技術・新解析」SY7-4）、第44回日本骨代謝学会学術集会、ホテルオークラ東京ベイ（千葉県浦安市）、2026年7月3日.

ポスター発表

• ○仲渡敦、石谷隆一郎、森脇由隆、堀立樹、西増弘志、相馬哲兵、Large Serine Recombinase の回転シミュレーション、第26回日本蛋白質科学会年会、とりぎん文化会館（鳥取県鳥取市）、2026年6月17–19日.
• ○田中一行、森脇由隆、石谷隆一郎、勝山陽平、新規チオエステラーゼの反応機構解析、第26回日本蛋白質科学会年会、とりぎん文化会館（鳥取県鳥取市）、2026年6月17–19日.

2025年

論文

• Ryuichiro Ishitani, Yoshitaka Moriwaki, Improving Stereochemical Limitations in Protein-Ligand Complex Structure Prediction, ACS Omega, 10(46), 56075–56084, DOI:10.1021/acsomega.5c07675, (2025).
• Yoshitaka Moriwaki, Taro Shiraishi, Yohei Katsuyama, Kenichi Matsuda, Toyoyuki Ose, Atsushi Minami, Hideaki Oikawa, Tomohisa Kuzuyama, Ryuichiro Ishitani, Tohru Terada Predicting protein complexes in biosynthetic gene clusters, bioRxiv, DOI:10.1101/2025.10.26.684697, (2025).
• Andrew I. Cooper, Patrick Courtney, Kourosh Darvish, Moritz Eckhoff, Hatem Fakhruldeen, Andrea Gabrielli, Animesh Garg, Sami Haddadin, Kanako Harada, Jason Hein, Maria Hübner, Dennis Knobbe, Gabriella Pizzuto, Florian Shkurti, Ruja Shrestha, Kerstin Thurow, Rafael Vescovi, Birgit Vogel-Heuser, Ádám Wolf, Naruki Yoshikawa, Yan Zeng, Zhengxue Zhou, Henning Zwirnmann, Accelerating discovery in natural science laboratories with AI and robotics: Perspectives and challenges, Science Robotics, 10, eadv7932, DOI: 10.1126/scirobotics.adv7932, (2025).
• Aiko Watanabe, Shizuka Ogiwara, Mirei Saito, Masaki Mishima, Masahiro Yamashina, Ryuichiro Ishitani, Yutaka Ito, Keiji Tanaka, Fumika Koyano, Koji Yamano, Hidetaka Kosako, Yoshitaka Moriwaki, Noriyuki Matsuda, The reaction mechanism for glycolysis side product degradation by Parkinson’s disease-linked DJ-1, J. Cell. Biol., 224(8), e202411078, DOI:10.1083/jcb.202411078, (2025).
• Naruki Yoshikawa, Yuki Asano, Don N. Futaba, Kanako Harada, Taro Hitosugi, Genki N. Kanda, Shoichi Matsuda, Yuuya Nagata, Keisuke Nagato, Masanobu Naito, Tohru Natsume, Kazunori Nishio, Kanta Ono, Haruka Ozaki, Woosuck Shin, Junichiro Shiomi, Kunihiko Shizume, Koichi Takahashi, Seiji Takeda, Ichiro Takeuchi, Ryo Tamura, Koji Tsuda, Yoshitaka Ushiku, Self-driving laboratories in Japan, Digital Discovery, 4, 1384-1403, DOI:10.1039/d4dd00387j, (2025).
• Seiji Kawai, Masayuki Karasawa, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Yohei Katsuyama, Yasuo Ohnishi, Structural Basis for the Catalytic Mechanism of ATP-Dependent Diazotase CmaA6, Angew. Chem. Int. Ed. e202505851, DOI:10.1002/anie.202505851, (2025).
• Fumiya K Sano, Kota Shimizume, Kazuhiro Kobayashi, Toshikuni Awazu, Kouki Kawakami, Hiroaki Akasaka, Takaaki A Kobayashi, Tatsuki Tanaka, Hiroyuki H Okamoto, Hisato Hirano, Tsukasa Kusakizako, Wataru Shihoya, Yoshiaki Kise, Yuzuru Itoh, Ryuichiro Ishitani, Yasushi Okada, Yasushi Sako, Masataka Yanagawa, Asuka Inoue, Osamu Nureki, Insights into G-protein coupling preference from cryo-EM structures of Gq-bound PTH1R, Nat. Chem. Biol. 21, 1906–1914,DOI: 10.1038/s41589-025-01957-6 (2025).

書籍・解説

• 武本瑞貴、富田篤弘、石谷隆一郎、「深層学習によるCPI予測の現状と展望」、実験医学増刊 Vol.43 No.15 構造生命科学 AlphaFold時代にどう活かす？〜生命機能を解く、変える、創るための技術と研究戦略（加藤英明、西増弘志 編）、羊土社、2025年9月.

口頭発表

• Ryo Akiba, Yoshitaka Moriwaki, Ryuichiro Ishitani, Naruki Yoshikawa, Multi-Objective Optimization for Designing Structurally Similar Proteins with Diverse Sequence, CBI学会2025年大会, 東京都江戸川区, 2025年10月30日.（口頭発表賞）

ポスター発表

• 堀立樹、森脇由隆、石谷隆一郎、拘束条件付き複合体構造予測による構造サンプリング、第39回分子シミュレーション討論会、2025年11月24-26日、くにびきメッセ
• 堀 立樹, 森脇 由隆, 石谷 隆一郎、拘束条件付き複合体構造予測による構造サンプリング、学術変革領域研究 (A) 予知生合成科学 2025年 若手合宿勉強会 2025年9月7日 (日) ‒ 9月8日 (月) タカオネ 〒193-0844 東京都八王子市高尾町2264
• 堀立樹、森脇由隆、石谷隆一郎、Structural Sampling with Distance Restrained Biomolecular Complex Structure Prediction Model、学術変革領域 A 蛋白質新機能生成第4回領域会議、 2025 年 12 月 8-9 日、淡路夢舞台国際会議場

2024年

論文

• Takahiro Mori, Yoshitaka Moriwaki, Kousuke Sakurada, Shuang Lyu, Stanislav Kadlcik, Jiri Janata, Aninda Mazumdar, Markéta Koběrská, Tohru Terada, Zdenek Kamenik, Ikuro Abe Molecular basis for the diversification of lincosamide biosynthesis by pyridoxal phosphate-dependent enzymes, Nature Chemistry, DOI: 10.1038/s41557-024-01687-7, (2024).
• Gyuri Kim, Sewon Lee, Eli Levy Karin, Hyunbin Kim, Yoshitaka Moriwaki, Sergey Ovchinnikov, Martin Steinegger, Milot Mirdita, Easy and accurate protein structure prediction using ColabFold, Nature Protocols, DOI: 10.1038/s41596-024-01060-5, (2024).
• Masato Homma, Takatoshi Wakabayashi, Yoshitaka Moriwaki, Takumi Shigeta, Kazuki Isobe, Atsushi Okazawa, Daisaku Ohta, Tohru Terada, Kentaro Shimizu, Masaharu Mizutani, Hirosato Takikawa, Yukihiro Sugimoto, Insights into stereoselective ring formation in canonical strigolactone: Identification of a dirigent domain-containing enzyme catalyzing orobanchol synthesis, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 121, e2313683121, DOI: 10.1073/pnas.2313683121, (2024).
• Ryuichiro Ishitani, Mizuki Takemoto, Kentaro Tomii, Protein ligand binding site prediction using graph transformer neural network, PLoS ONE, 19(8), e0308425, DOI:10.1371/journal.pone.0308425, (2024).

書籍・解説

• 森脇由隆、「タンパク質の立体構造予測 〜ColabFoldとAlphaFold2〜」、実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ AlphaFold時代の構造バイオインフォマティクス実践ガイド（富井健太郎 編）、羊土社、2024年12月.
• 森脇由隆、「タンパク質–タンパク質の相互作用予測 〜AlphaFold-MultimerとAlphaFold3〜」、実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ AlphaFold時代の構造バイオインフォマティクス実践ガイド（富井健太郎 編）、羊土社、2024年12月.
• 石谷隆一郎、力丸健太郎、「分子ドッキング法 〜タンパク質–化合物複合体の構造予測〜」、実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ AlphaFold時代の構造バイオインフォマティクス実践ガイド（富井健太郎 編）、羊土社、2024年12月.

口頭発表

• ○森脇由隆、澤知希、蔣瀚霆、本間大翔、若林孝俊、村瀬浩司、高山誠司、杉本幸裕、寺田透、予測された立体構造を用いて蛋白質―蛋白質/蛋白質―リガンド分子間相互作用を理解する（ワークショップ WS15「蛋白質科学とAIのクロスオーバー」 WS15-3）、第24回日本蛋白質科学会年会、札幌コンベンションセンター（北海道札幌市）、2024年6月13日.
• ○石谷隆一郎、深層学習を用いたタンパク質のリガンド結合ポケット予測（ワークショップ WS15「蛋白質科学とAIのクロスオーバー」 WS15-5）、第24回日本蛋白質科学会年会、札幌コンベンションセンター（北海道札幌市）、2024年6月13日.