ソフトウェア
CueMol
CueMol (きゅうもる) は生体高分子の構造を見るためのソフトウェアです． OSのGUIとシームレスでかつ， わかりやすいユーザーインタフェイスを目指して開発を進めています． さらに，論文やプレゼンのための高品位の分子グラフィクスを作成できるという特徴もあります．
LocalColabFold
https://github.com/YoshitakaMo/localcolabfold/
LocalColabFoldは、ColabFoldの機能をユーザーのローカルマシンで利用できるようにするためのインストーラー・スクリプトです。Windows 10以降（Windows Subsystem for Linux 2を使用）、macOS、Linuxなど幅広いOSに対応しています。
AlphaFold3_tools
https://github.com/cddlab/alphafold3_tools/
alphafold3_toolsはAlphaFold3用のツール集です。MSAファイルをAlphaFold3の入力JSONファイルに変換するmsatojsonや、予測されたアラインメントエラー（PAE）を可視化するpaeplotなどのスクリプトが含まれています。
RGI-toolkit
https://github.com/cddlab/rgi_toolkit
RGI-toolkit（Restraint-Guided Inference toolkit）は、拡散モデルに基づく生体分子の構造予測モデルに、微分可能な拘束条件を導入するためのツールキットです。距離・角度・RMSD・コンフォマーなどの拘束を推論（デノイジング）過程に組み込むことで、目的に沿った構造を予測できます。Boltz-1/2、AlphaFold3、Protenix、ESMFold2、OpenFold-3、Chai-1、RF3などの予測モデルに対応しており、ColabFoldのノートブックからも利用できます。